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主要作用是改善食品的色、香、味,调整食品的营养构成,延长食品的保质期,但是六偏磷酸钠中会有微量的重金属如砷，铅等，砷会引起以皮肤色素脱失、着色、角化及癌变为主的全身性的慢性中毒；食品级的六偏磷酸钠还有一定含量的氟化物，低浓度的氟化物会引起慢性中毒和氟骨症，使骨骼中的钙质减少，导致骨质硬化和骨质疏松。
六偏磷酸钠用于肉制品、鱼肉肠、火腿等，能提高持水性，增高结着性，防止脂肪氧化；用于豆酱、酱油能防止变色，增加粘稠性，缩短发酵期，调节口味；用于水果饮料、清凉饮料，可提高出汁率，增高粘度，抑制维生素C分解；用于冰淇淋可提高膨胀能力，增大容积，增强乳化作用防止膏体破坏，改善口感和色泽；用于乳制品、饮料防止凝胶沉淀；加入啤酒中能澄清酒液、防止浑浊；用于豆类、果蔬罐头，可稳定天然色素，保护食品色泽。此外，六偏磷酸钠水溶液喷涂于腌制肉上，可提高防腐性能。